Outre les services de sécurité et la surveillance du domaine portuaire, les équipes de la capitainerie gèrent au quotidien les mouvements de bateau sur les 14 kilomètres de voie d'eau en Région de Bruxelles-Capitale, et assurent le bon fonctionnement des ouvrages d'art (trois ponts mobiles et deux écluses). Ce sont aussi les services opérationnels qui assurent la propreté du canal grâce à trois bateaux nettoyeurs. En tant que port maritime, le Port de Bruxelles est tenu de disposer d'un capitaine de Port, qui exerce aussi la fonction d'officier de police judiciaire pour l'ensemble du domaine