Il est l'un des rares à se préoccuper des bases théoriques de la botanique. On lui attribue l'invention de l'herbier (baptisé alors hortus siccus ou jardin séché), vers 1520 ou 1530, mais il semblerait que l'on en connaissait cette conservation des plantes bien plus tôt. Son herbier, qu'il cite dans sa correspondance, rassemblait 300 plantes différentes mais n'a pas été conservé. Ghini est certainement l'initiateur de l'utilisation de l'herbier à des fins pédagogiques : les trois plus anciens herbiers que l'on connaît sont ceux de ses élèves

Lucya