Clervoy participe à la mission STS-103. 

STS-103 (19 au 27 décembre 1999) a pour objectif principal de réparer le télescope spatial Hubble, mis en sommeil après une succession de pannes des gyroscopes nécessaires au pointage fin. Jean-François Clervoy est l'ingénieur navigant de l'équipage pendant les phases de montée, de rendez-vous et de rentrée atmosphérique. Il est aussi l'opérateur du bras robotique de la navette pour la capture et le lâcher du télescope, ainsi que pour déplacer ses coéquipiers pendant leurs trois sorties dans le vide de plus de huit heures chacune. Il passe 191 heures et 11 minutes en vol et réalise 120 orbites

w