Clervoy participe à la mission ATLAS-3 - STS-66. 

STS-66 (3 au 14 novembre 1994) Cette mission, dénommée ATLAS-3 (Laboratoire de recherche scientifique et appliquée sur l'atmosphère), à laquelle participent plusieurs scientifiques européens, s'inscrit dans une série de missions spatiales dédiées à l'étude de la composition de l'atmosphère terrestre et de son évolution sous l'influence de l'énergie solaire. J.F. Clervoy est responsable du pilotage du bras robotique pour le déploiement du satellite CRISTA-SPAS de l'Agence spatiale allemande. Il passe 262 heures et 34 minutes en vol et réalise 175 orbites terrestres.