L'accident s'est déroulé à hauteur de la ville de Kalyoub lorsque le train entrait en gare, dans un itinéraire qui l'emmenait du Caire vers la ville de Ménouf, située dans le Delta du Nil. Le conducteur du train n'a pas tenu compte des indications de direction du sémaphore, ce qui a conduit à une collision avec une barrière tampon, provoquant le déraillement de la locomotive et d'un des premiers wagons,