Il a été président de septembre 1989 à mai 1994 et a joué un rôle central dans la transition d'un régime d'apartheid où la minorité blanche avait le pouvoir vers des élections démocratiques et le gouvernement du Congrès national africain de Nelson Mandela. Frederik De Klerk fut également le vice-président de Mandela. En 1993, il a reçu le prix Nobel de la paix avec Mandela pour ses réformes radicales. Il avait quitté la politique en 1997.