La même année, il entame une longue carrière aux musées royaux d'art et d'histoire de Bruxelles. Successivement collaborateur libre (1897), conservateur-adjoint (1900), conservateur (1911), secrétaire (1912), il devient conservateur en chef des musées en 1925. Il prend sa retraite en 1942, mais continue à siéger au sein de la commission de surveillance des musées et comme membre de la Société des Amis des Musées.

Willy Aubert