Karplus devient professeur de chimie à Harvard. 

Né à Vienne, en Autriche, le 15 mars 1930, il s'était exilé aux Etats-Unis avec sa famille après l'Anschluss, en 1938. Il avait confié que son amour pour la science était né de son intérêt pour l'ornithologie et grâce à un microscope offert par ses parents quand il était enfant. Il a notamment étudié à Oxford et à Harvard, où il est par la suite devenu professeur à partir de 1966. Il a également enseigné durant des années à l'université de Strasbourg.