Du fait de la mort de Benoît XI, Arnaud de Villeneuve se réfugie à la cour de Frédéric II de Sicile, protecteur des Spirituels. 

Arnaud polémique avec les Dominicains de Gérone et doit recourir à la protection du nouveau pape Benoît XI. Il lui écrivit une lettre de haute protestation morale où il prend vigoureusement fait et cause pour les Spirituels franciscains. Ce qui lui vaudra une année d'emprisonnement.